W listopadzie 2019 r. na zaproszenie Stowarzyszenia Pomoc Kościołowi w Potrzebie przyjechał z wizytą do Polski bp Stephen Nyodho Ador Majwok z Sudanu Południowego, z diecezji Malakal. Podczas swojej wizyty w naszym kraju odwiedził krakowskich kapucynów. Spotkanie z nim pozwoliło nam poznać bliżej problemy tego młodego Kościoła. Na jego zaproszenie dwóch naszych braci udało się z krótką wizytą do jego diecezji, aby rozeznać możliwości założenia misji.

Po przeprowadzeniu rekonesansu, Kapituła Prowincjalna Kapucynów w 2020 roku uchwaliła projekt nowej misji, a Minister Generalny Zakonu wyraził na nią zgodę. W następstwie tych decyzji 1 marca 2022 wyjechał do Sudanu Południowego pierwszy kapucyński misjonarz, brat Robert Wieczorek, który przez 25 lat posługiwał w Republice Środkowoafrykańskiej. Po kilku miesiącach dołączyli do niego kolejni bracia: Artur Ziarek, wieloletni misjonarz w Czadzie i Augustyn Chwałek, rozpoczynający swoją pracę na misjach. Ci trzej bracia w towarzystwie Ministra Prowincjalnego br. Marka Miszczyńskiego i Sekretarza Misyjnego br. Jerzego Steligi zainaugurowali działalności polskich kapucynów w Sudanie Południowym i tak 2 lutego 2023 roku, w święto Ofiarowania Pańskiego, została założona pierwsza wspólnota misyjna Braci Mniejszych Kapucynów – Prowincji Krakowskiej w Rubkona (diec. Malakal) w Sudanie Południowym. Ostatnio 7 października 2025 do wspólnoty braci dołączył kolejmy misjonarz, br. Paweł Kubiak

Jako Bracia Kapucyni chcemy być wierni słowom Chrystusa „Idźcie na cały świat i głoście Ewangelię wszelkiemu stworzeniu!”. (Mk 16, 15)