Bracia Kapucyni z Prowincji Warszawskiej są obecni w Gabonie od sierpnia 2000 roku. Po swoim przyjeździe otrzymali od Arcybiskupa Libreville pod opiekę pierwszą parafię w Essassa, w wiosce oddalonej 24 kilometry od stolicy. Teren tej parafii należał przedtem do parafii św. Michała w Libreville, prowadzonej przez misjonarzy ze zgromadzenia św. Ducha, zwanych Spirytynami, a w 2000 roku został wydzielony w osobną strukturę i oddany pod opiekę polskim Kapucynom, którzy w tym czasie rozpoczynali swoją pracę misyjną w tym kraju. 

W roku 2001 przy głównym kościele w Essassa został wybudowany mały klasztor, do którego wprowadziło się czterech pierwszych braci. Od Bożego Narodzenia 2002 r. Bracia Kapucyni przejęli opiekę nad trzema kolejnymi parafiami w diecezji Libreville. Pierwsza to parafia św. Tomasza w Ntoum, a druga – parafia Matki Bożej Morza w Cocobeach, a w następnej kolejności utworzona została nowa parafia w sanktuarium Matki Bożej Gabońskiej w Melen. 

W 2021 do Gabonu przybył br. Piotr Michalik, a w 2024 br. Andrzej Barszcz. Wspomagają oni braci z bratniej prowincji.